Міколайкі називають Мазурською Венецією або Перлиною Мазур. Попередником міста була рибацька осада між озерами Тальти та Миколайським.
Своєю назвою Міколайкі завдячують патрону рибалок – Святому Миколаю.
Покровителькою міста є знаменита Королева риб Селава. За легендою саме вона перешкоджала рибалкам і вони щоразу поверталися з порожніми сітками, поки не зловили гігантську рибину і знову випустили її в озеро, попередньо прив’язавши на ланцюг. Ця легенда є відображенням існування митниці, заснованої хрестоносцями у ХІV ст., що опускалися на ланцюгу, перегорожуючи шлях на перешийку між двома озерами. Селава красується на гербі міста, а також на центральній площі у вигляді фонтану.
Інтенсивний розвиток Міколайок, як курорту, розпочався у ХІХ ст., після будівництва каналу та прокладання залізниці Елк – Ольштин.
Сьогодні місто змінюється на очах: будуються нові комфортні готелі та ресторани. У той же час зберігається образ міста – давньої рибацької осади, а нова забудова доповнює існуючу довоєнну.
